巧克力囊肿患者做试管婴儿比较适合长方案或超长方案。但是具体的方案医生会根据不同患者的身体状况做出相应的调整，所以只要严格遵医嘱即可。卵巢巧克力囊肿是指子宫内膜长在卵巢上，囊肿的大小会影响怀孕，因此想要生育可以通过试管婴儿来实现，但是做试管之前要先治疗，不然会影响试管的成功率。
试管治疗巧克力囊肿方案
长方案
长方案需要较长的治疗时间，从上一个周期的黄体期中期算起，需要30天左右，是一种非常常用的促排卵方案，长方案大约需要3-4个月，注射2-3次对照药物后，体内激素完全减少，再注射促排卵药物，一般可获卵5-10枚，适用于巧克力囊肿、多囊卵巢综合征或需要时间控制的患者。
超长方案
在月经第二天注射长效GnRH-a3.75mg，28天后再注射一次长效GnRH-a3.75mg，14天后观察FSH、LH、雌激素水平以及卵泡直径看是否达到垂体降调标准，如果已达到开始启动Gn促排卵。或者在月经第二天，注射长效GnRH-a3.75mg，28天后开始使用短效GnRH-a0.1mg，同时启动Gn促排卵。
由于超长方案垂体抑制比较深，Gn启动的药量及时间要比其他方案长，全程大概1-2月，主要用于子宫内膜异位症(巧克力囊肿)及反复种植失败的患者。
有巧克力囊肿一般是不能够做试管婴儿的，成功几率大约在2%左右。应该要以治疗为主，对子宫内膜进行修复，等到身体康复后再进行试管婴儿能够减少失败率。其实试管婴儿手术后，巧克力囊肿也是有几率复发的。本来治疗手术后，也是会复发的，如果只是囊肿剥除，术后的复发率达到40%以上，所以要预防巧克力囊肿复发，在术后也要进行规范的管理。
巧克力囊肿的治疗方法
1、轻微巧囊药物治疗
如果巧囊的症状属于轻微症状，并且囊肿小于5cm，一般不影响卵泡发育，具有正常排卵的功能，可以通过调养和科学促排，能够获取卵子用于试管助孕，在试管周期前，可以服用激素类药物，抑制囊肿的生长，让囊肿发生萎缩。女性患者也可以服用辅酶Q10帮助其改善自身的卵巢功能，提高卵子质量。
2、严重巧囊手术治疗
部分女性患者的巧囊体积较大，症状较明显，囊肿持续时间相对较长，可以采用腹腔镜手术方式进行治疗，降低了周围组织的损伤，需要防止术后发生粘连，手术后能够保留卵巢的正常功能。
3、恶性巧囊试管治疗
患有恶性巧克力囊肿的女性患者，基本上是巧囊不孕症患者，囊肿较大，不及时手术切除治疗对身体健康有较大的影响，并且女性不能生育。已经无法排出可用的卵子，不能生育，如果有生育需求，可以通过第三代试管进行助孕。
